To początkowy etap edukacji kandydatów na ninja. Do czasu jej ukończenia uczniowie nie są traktowani jak shinobi. Nauka rozpoczyna się w wieku dziewięciu lat i trwa cztery lata. Istnieją przypadki, w których nauki pobierane są w młodszym wieku oraz takie, w których edukacja kończy się wcześniej, przykładem czego jest Itachi Uchiha, który ukończył Akademie w wieku siedmiu lat.
Wiedza wymagana na egzaminach końcowych (praktycznych i teoretycznych) obejmuje podstawowe umiejętności shinobi takie jak taijutsu, posługiwanie się bronią (kunai i shurikeny) oraz elementarne ninjutsu (różniące się w poszczególnych wioskach).
Ukończenie Akademii oznacza, że dany student staje się pełnoprawnym ninja na poziomie genina, otrzymując przy tym symbol pomyślnego zakończenia nauki podstawowej – ochraniacz na czoło z symbolem wioski. Sam ochraniacz bywa często noszony w inny sposób, np. jako opaska (Sakura), przepaska na rękę (Shikamaru) lub biodra (Lee Rock).
Ogólne wymagania stawiane przed kandydatami na ninja różnią się między poszczególnymi szkołami: studenci Konohy muszą pomyślnie przejść test pisemny oraz prezentację podstawowych technik ninjutsu (choć zdarzają się wyjątki – Rock Lee zdaje egzamin mimo niemożliwości wykonania przez niego technik ninjutsu na rzecz nieprawdopodobnie rozwiniętych technik taijutsu). Z kolei w Kiri egzaminem końcowym była przeprowadzana w parach walka na śmierć i życie. Po incydencie związanym z "demonem Zabuzą" metoda ta została zaniechana.